健康保険制度（けんこうほけんせいど）とは、日本の公的医療保険制度、すなわち社会保障のうち社会保険（医療保険）に分類され、健康保険に加入する被保険者が医療の必要な状態になったとき医療費を保険者が一部負担する制度をいう。日本では「国民皆保険」とされ、生活保護の受給者などの一部を除く全国民（および日本に1年以上在留資格のある外国人）が何らかの形で健康保険に加入するように定められている（強制保険）。
保険診療
※ここからは広義の健康保険（国保、船員保険、共済組合含む）についての内容である。
広義の健康保険を利用し医療を受ける「保険診療」は、被保険者が保険者から発行された被保険者証を保険指定された医療機関に提示し、保険医指定された医師や歯科医師によって行われる。保険診療には「診療報酬」が定められている。保険診療を受ける被保険者は診療報酬の一部を医療機関に支払い、残りの診療報酬は保険者から医療機関へ支払われる。このとき医療機関が保険者に請求する診療明細をレセプトと呼ぶ。
病院と診療所の役割分担の推進を図る観点から、一定規模の病床を有する病院は、他の保健医療機関からの紹介なしに初めてその病院を受診した患者から、初診料に相当する特別料金を徴収することができる。患者が自己の選択により保険制度の想定を超えたサービスを求めたと解釈されることが徴収の根拠であり、厚生労働大臣が認めるものである。この料金は社会的にみて妥当な範囲で病院が定めることができるため、一般に通常の初診料よりは高く、病院ごとに異なっているが、社会保険事務局への届出が必要であることから、健康保険制度の枠組み内の制度であり、病院が自由裁量によって定めるプレミアム料金、ブランド料というわけではない。
保険で認められていない治療法（未認可の治療薬など）や、要医療状態以外に対する医療行為（通常の歯列矯正や美容整形など）では健康保険は利用できない。また、保険で認められている治療法であっても、保険を利用せずに治療することが可能である。これらの場合、診療報酬は医療機関の裁量で設定することができ、全額患者の自己負担となる。このような診療を自由診療（保険外診療）と呼ぶ。
一連の医療行為の中で保険診療と自由診療が混在することは、混合診療と呼ばれ認められていない（2004年現在、解禁について政府内で検討中である）。法的には、診療の一部でも保険で未認可の医療行為が含まれていれば、それは自由診療として全額自己負担でなければならない。しかし医学は日進月歩であり、未認可であっても学問的には確立された治療法も存在するため、保険制度とつじつまを合わすため、架空の病名をレセプトに記載する「レセプト病名」という行為が半ば常識となっている。
なお、通常の出産（自然分娩）は保険の適用にならないが（申請して、後日、出産祝い金の形で一定額が支給される）、何らかの事情で帝王切開などの異常出産を行ったり、母体に異常が発生したような場合では保険の対象となる。
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